Rabu, 04 Januari 2012

Bioinformatic of Aquaclture

                                       
Meskipun pendugan umur ikan dewasa dengan pembacaan lingkaran yang terdapat pada otolith sangat sulit dilakukan untuk ikan-ikan yang hidup di daerah tropis, akan tetapi untuk stadia larva pendugaan umur dapat dilakukan dengan pembacaan lingkaran harian yang terdapat pada otolith larva ikan. Pendugaan umur larva ikan merupakan salah satu cara untuk mengetahui proses dan waktu atau musim dari larva ikan masuk ke daerah asuhannya, lama menetap dan waktu keluar dari daerah tersebut dalam siklus hidupnya. Selain itu melalui cara ini akan didapatkan informasi yang dapat digunakan sebagai upaya pengelolaan sumberdaya perairan.
Banyak penelitian menunjukan adanya hubungan antara panjang standart ikan dengan jumlah lingkaran otolith untuk pendugaan umur ikan. Namun sampai saat ini, studi mengenai pendugaan umur larva ikan di daerah tropis sendiri masih relatif sedikit, antara lain studi otolith pada ikan Chanos chanos dan pada larva ikan teri (Stolephorus indicus van Hasselt). Dari penelitian ini telah diketahui umur larva yang masuk ke perairan pantai dan lama menetap di perairan tersebut.
Umumnya daerah pemijahan dari beberapa jenis ikan laut pada umumnya berbeda dengan daerah asuhannya, dimana larva ikan tersebut melakukan ruaya ke tempat yang kondisinya sesuai dengan fase tertentu dari daur hidupnya, antara lain perairan estuarin. Perairan Laguna Segara Anakan di Cilacap merupakan estuarin yang merupakan habitat penting bagi beberapa jenis ikan, baik untuk mencari makan, memijah dan habitat asuhan dari berbagai jenis ikan yang bersifat sedentary/resident maupun jenis ikan migratory1). Mengingat pentingnya informasi tentang umur larva ikan yang masuk ke estuarin, untuk itu perlu diadakan penelitian tentang pendugaan umur melalui studi otolith serta keberadaan larva ikan khususnya di perairan Pelawangan Timur, Segara Anakan, Cilacap.
Pengamatan terhadap otolith larva ikan Hypoatherina sp. yang tertangkap di Pelawangan Timur Segara Anakan, Cilacap untuk menduga umur telah dilakukan dari bulan Juli – Oktober 2003. Hasil sampling diperoleh larva ikan Hypoatherina sp. sebanyak 253 individu dengan ukuran panjang standart antara 3,4 mm sampai dengan 19,9 mm. Selama pengambilan sampel, jumlah larva yang tertangkap tiap sampling bervariasi, yaitu 6 inividu tertangkap pada pertenganahan bulan Juli, sedangkan hasil tangkapan yang paling banyak pada bulan September yaitu sebanyak 124 individu. Ukuran larva Hypoatherina sp. yang tertangkap selama pengambilan sampel didominir oleh larva ikan yang berukuran dibawah 12.0 mm, dimana larva yang paling banyak tertangkap berukuran panjang standart antara kelompok 4,1-6,0 mm sebesar 40 % yang diikuti oleh ukuran 6,1- 8,0 dan 8,1-.1,0 mm Sedangkan larva dengan kelompok ukuran panjang standart 12,1 – 14,0 mm mempunyai frekuensi yang paling kecil yaitu sekitar 6 % dari total tangkapan.
Dengan tertangkapnya ukuran larva ikan dibawah 10,0 mm setiap sampling, dan dalam jumlah yang relatif lebih banyak dari ukuran diatasnya, hal ini menunjukkan adanya indikasi bahwa telah terjadi rekruitment larva tersebut ke perairan Pelawangan Timur. Adapun munculnya larva dengan ukuran lebih besar dari 12,0 mm pada pertengaham bulan Juli diduga bahwa larva tersebut berasal dari rekruitment sebelumnya.

untuk lebih lengkapnya silahkan klik disini

Selasa, 03 Januari 2012

Bioinformatika Dalam Budidaya Perairan

Filogenetik Populasi Udang Jerbung dengan Bantuan Bioinformatika untuk Program Pemuliaan dan Usaha Budidaya
Di dunia beberapa jenis organisme yang memiliki nilai ekonomis tinggi masih diambil dari alam. Padahal Setiap tahun kebutuhan manusia akan makanan terus bertambah. Jika organisme -organisme tersebut terus menerus diambil akan menyebabkan stok di alam akan mengalami penurunan yang drastis bahkan dapat mengalami kepunahan . Dalam dunia perikanan peran pembudidaya untuk mengurangi ketergantungan pengambilan ikan di alam untuk dikonsumsi sangat diperlukan. Di harapkan para pembudidaya dapat membudidayakan organisme-organisme penting yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Penyediaan induk ikan dari hasil budidaya harus segera dikembangkan  untuk mencegah punahnya ikan akibat diambil secara terus menerus . Domestikasi ikan atau akuakultur secara keseluruhan telah berperan dalam pening-katan produksi ikan dunia yang terjadi dalam 18 tahun terakhir ini (Naylor et al., 2000)...
Salah satu organisme diperairan yang memiliki nilai ekonomis tinggi adalah udang Jerbung (Fenneropeanus merguensis de Man). Namun sayangnya udang ini masih banyak diambil di alam , sehingga stock di alam semakin menipis. Untuk menyelamatkan kepunahan udang ini penyediaan induk udang jerbung dari budidaya harus segera dikembangkan. Keberhasilan domestifikasi udang jerbung akan mendukung keberhasilan budidaya melalui penyediaan benur yang bermutu. Udang Jerbung dapat menjadi kandidat spesies dalam program pemuliaan melalui pemijahan selektif. Sehubungan dengan hal-hal tadi beberapa peneliti dari Pusat Riset Perikanan Budidaya Jakarta dan Departemen Budidaya Perairan FPIK IPB melakukan penelitian tentang “Fillogenetik Populasi Udang Jerbung Berdasarkan Sekuens 16S-rRNA DNA Mitokondria” sebagai data dasar dalam rangka perbaikan mutu benih melalui program pemuliaan.

Gambar 1. Fenneropeanus merguensis de Man
Salah satu metode yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan pemanfaatan Bioinformatika  yaitu pada tahap pengeditan hasil sekuensing 16S-rRNA mtDNA diedit menggunakan bantuan software BIO dan dilakukan analisis pensejajaran berganda dengan data sekuens tersedia di Bank Gen dengan Blast ( http://blast.ncbi.nim.nih.gov/blast.cgl ) setelah dilakukan analsis hasil sekuensing  dari 5 populasi udang jerbung dapat dikelompokan kedalam  2 kelompok utama yaitu
Kelompok 1 : populasi  Udang Jerbung dari NTB, Banten, Bengkulu, dan Jawa Tengah
Kelompok 2 : populasi Udang Jerbung dari Kalimantan Barat
Gambar 2. Skema Penggunaan Bioinformatika
Dari pengelompokan tersebut dapat disimpulkan bahwa udang jerbung populasi Kalimantan Barat dapat digunakan sebagai bahan untuk selective breeding dengan populasiu daerah lainnya untuk meningkatkan keragaman genetik.


Penggunaan Bioinformatika dalam dunia perikanan memang semakin meningkat. Agenda penelitian terkini tentang dunia perikanan terutama budidaya  mempunyai fokus pada isolasi dan identifikasi gen, fungsi gen, mekanisme ekspresi gen, manipulasi gen dan identifikasi serta pengembangan penanda molekular untuk pemetaan gen. Seluruh aktivitas penelitian tersebut bertujuan untuk mengembangkan sumber daya genetik menjadi sumber daya pangan yang potensial dalam meningkatkan produksi bagi kesejahteraan manusia.
 
http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208191198.pdfBioinformatika dalam budidaya perairan